El PPGOB cuenta actualmente con una única área de concentración («Oceanografía Biológica»), con tres líneas de investigación:
1) Oceanografía estuarina y costera
Esta línea pretende desarrollar la investigación de los ecosistemas estuarinos y costeros de forma integral, buscando investigar la biodiversidad, los procesos ecológicos y las interacciones entre los organismos y el medio. El estudio de los ecosistemas del estuario de Lagoa dos Patos y litoral marino adyacente (ELPA) es el foco principal de esta línea de investigación. Además, los estudios sobre los impactos antropogénicos y el cambio climático en estos ambientes y su biodiversidad, que pueden subsidiar las estrategias de conservación, también son objetivos de esta línea.
2) Ecosistemas oceánicos, de aguas profundas y polares
Esta línea de investigación se centra en los ecosistemas oceánicos, incluida la plataforma continental media y exterior, el talud continental y las aguas profundas. La investigación dentro de esta línea abarca la biodiversidad, los procesos ecológicos y los impactos medioambientales de origen antropogénico, incluido el cambio climático. La línea también abarca las regiones polares, que son entornos caracterizados por una combinación única de factores extremos que configuran su biodiversidad y los procesos ecológicos asociados a redes tróficas simplificadas, extremadamente eficientes pero poco resistentes. La investigación orientada a la comprensión global de la influencia de los factores ambientales y antropogénicos, considerando el cambio climático global, en el funcionamiento de los ecosistemas de estas regiones, incluyendo los flujos de materia y energía, la dinámica y las interacciones de sus poblaciones, es la principal motivación de esta línea.
3) Oceanografía Aplicada
Esta línea de investigación abarca las investigaciones encaminadas a obtener conocimientos teóricos y prácticos sobre los océanos con el fin de resolver problemas concretos y promover el uso sostenible de los recursos marinos y costeros. Se centra en la investigación científica y el desarrollo tecnológico que abordan cuestiones medioambientales, económicas y sociales relacionadas con los entornos marinos. Así, se incluyen en esta línea estudios sobre contaminación y su mitigación, gestión de recursos pesqueros y acuicultura, biorremediación, bioprospección y desarrollo de productos marinos.