Estudantes e professores do PPGOB investigam temas de diversas áreas da oceanografia, desde questões ecológicas básicas até pesquisas mais aplicadas.  O PPGOB atua de forma interdisciplinar, interagindo com outras áreas da oceanografia e de outras ciências, avançando no conhecimento sobre o uso, gestão e conservação dos recursos marinhos, sobre as ameaças à integridade dos oceanos e seus organismos e até sobre o desenvolvimento tecnológico e a inovação. As linhas de pesquisa do PPGOB são divididas em: