O PPGOB apresenta um ciclo letivo baseado em semestres: 4 para Mestrado e 8 para Doutorado, com isso a matrícula nas disciplinas são realizadas semestralmente. Todas as disciplinas são ministradas de forma condensada com uma duração bimestral. Atualmente contamos com 29 disciplinas regulares cadastradas que contemplam uma ampla gama de assuntos e áreas de estudo das Ciências do Mar.  As disciplinas podem ser conferidas neste link https://ppgocbio.furg.br/disciplinas

Nos programas de Mestrado e Doutorado são exigidos para a formação, no mínimo 24 e 48 créditos, respectivamente.

Do total, 2 e 6 créditos no Mestrado e Doutorado, respectivamente, poderão ser obtidos através de produção científica, como segue:

1. a) Como primeiro autor até 01 (um) crédito a cada 02 (dois) resumos de trabalhos apresentados em Congresso(s), ou por 01 (uma) publicação completa em anais de congresso.
2. b) Como primeiro autor, a critério da Coordenação, até 03 (três) créditos por trabalho publicado e/ou incondicionalmente aceito em revista com corpo editorial ou capítulo de livro.
3. c) Como co-autor, a critério da Coordenação, até 02 (dois) créditos por cada trabalho publicado e/ou incondicionalmente aceito em revista com corpo editorial, ou capítulo de livro.

Também são computados 2 e 4 créditos pelo estágio docência aos alunos de mestrado e doutorado, respectivamente. Embora no programa não existam disciplinas obrigatórias, algumas delas são fortemente sugeridas para todos os alunos, como Metodologia Científica I e II e Fundamentos de Oceanografia. Estas disciplinas têm um papel importante para a formação geral do aluno, garantindo um nivelamento do conhecimento em Oceanografia e auxiliando na formulação de projetos de pesquisa.