O PPGOB possui, atualmente, uma única área de concentração (“Oceanografia Biológica”), com três linhas de pesquisa:

1) Oceanografia estuarina e costeira
Esta linha tem como objetivo desenvolver pesquisas sobre os ecossistemas estuarinos e costeiros de forma abrangente, buscando investigar a biodiversidade, os processos ecológicos, e as interações entre os organismos e o ambiente. O estudo dos ecossistemas do estuário da Lagoa dos Patos e costa marinha e adjacente (ELPA) é o principal foco desta linha de pesquisa. Além disso, estudos sobre os impactos antropogênicos e das alterações climáticas nestes ambientes e na sua biodiversidade, que possam subsidiar estratégias de conservação, são também objetivos desta linha.

2) Ecossistemas oceânicos, de mar profundo e polares
Esta linha está voltada às pesquisas sobre os ecossistemas oceânicos, incluindo a plataforma continental média e externa, o talude continental e o mar profundo. Pesquisas dentro desta linha englobam a biodiversidade, os processos ecológicos e os impactos ambientais de origem antrópica, incluindo as mudanças climáticas. A linha abrange, também, as regiões polares, que ambientes caracterizados por uma combinação única de fatores extremos que moldam a sua biodiversidade e os seus processos ecológicos associados a teias tróficas simplificadas, extremamente eficientes, mas pouco resilientes. Pesquisas voltadas para uma compreensão abrangente sobre a influência dos fatores ambientais e antrópicos, considerando as mudanças climáticas globais, no funcionamento dos ecossistemas destas regiões, incluindo os fluxos de matéria e energia, a dinâmica e interações de suas populações, são a motivação principal desta linha.

3) Oceanografia Aplicada
Ementa: A linha de pesquisa abrange investigações que visam obter conhecimentos teóricos e práticos sobre os oceanos para resolver problemas concretos e promover o uso sustentável dos recursos marinhos e costeiros. A linha tem como foco pesquisas científicas e de desenvolvimento tecnológico que abordam questões ambientais, econômicas e sociais relacionadas com os ambientes marinhos. Desta forma, estudos sobre poluição e sua mitigação, gestão de recursos pesqueiros e aquicultura, biorremediação, bioprospecção e desenvolvimento de produtos de origem marinha, estão incluídos nesta linha.