No Laboratório de Hidroacústica Aplicada, com a coordenação dos professores Stefan Weigert e Lauro Saint Pastous Madureira, são desenvolvidos projetos de pesquisa pesqueira e ecológica. Lá se encontra uma equipe de pesquisadores especializada no emprego de equipamentos hidroacústicos para a prospecção, o mapeamento e a estimativa de biomassa de peixes pelágicos, e na análise da interação entre organismos marinhos e as condicionantes ambientais e oceanográficas. 

Pela natureza dos estudos realizados no Laboratório de Hidroacústica Aplicada, as oportunidades de embarque tanto em navios de pesquisa quanto em embarcações de pesca costumam ser frequentes, o que proporciona grande experiência de mar à sua equipe de pesquisadores.